Archive for the 'Borja' Category

Jun 27 2011


Observación de microorganismos Borja

27 de junio de 2011

Empezamos el primer día con una explicación por parte de los profesores de cada grado de la rama agroalimentaria sobre cada uno de los grados así como de su salida laboral. Tambiém nos han entregado una bolsa con una carpeta, un boli, una libreta y una bata para utilizar estos materiales en el laboratorio. Seguidamente, nos han presentado nuestro profesor durante esta semana y a nuestro compañero de proyecto.Después de motrarnos el laboratorio, Gonzalo, nuestro profesor durante la semana en los laboratorios, nos ha hecho una explicación del material de laboratorio, los procedimientos, y las precauciones que tenemos que tomar cada vez que realicemos alguna prueba.

Primero nos explica como funciona el autoclave y otros aparatos. Para todos aquellos que no estén familiarizados con el material de laboratorio, el autoclave es una máquina que augmenta la presión y la temperatura para conseguir una esterilización completa de los materiales introducidos en él. También nos muestra una máquina que absorve los gases y que sirve para manipular substàncias peligrosas, normalmente volátiles, así como otra que renueva y filtra el aire para impedir la contaminación de las muestras. Esta última la utilizaremos para poner nuestras preparaciones en las placas Petri.

Seguido, nos hemos puesto las batas del laboratorio y hemos empezado a preparar nuestra primera preparación para un cultivo de microorganismos. Eso si, en todo momento hemos tomado nota para recordar en cada caso la mejor forma de hacer las cosas y de realizar correctamente la práctica. Para la preparación del cultivo hemos utilizado una base con agar mezclada con agua destilada y que después hemos puesto en el autoclave. Para no utilizar el autoclave solo yo y mi compañero Diego, hemos esperado a que otras compañeras del laboratorio terminaran su preparado y así poner en marcha el autoclave solo una vez. También tengo que decir, que no se nos ha dejado poner en marcha el autoclave a nosotros por razones de seguridad.

A continuación, como la esterilización del preparado tardaría una hora aproximadamente, hemos bajado a una cafetería a tomarnos un zumo y a descansar un rato mientras hablamos con los profesores sobre que nos gustaría hacer dentro de unos años y que sería interesante que estudiaramos durante el próximo curso. Después de este tiempo libre, subimos al laboratorio y Gonzalo nos explica como realizar el cultivo sobre unas placas de cultivo ya preparadas. Después de unos consejos sobre seguridad en los cultivos hemos preparado el material y nos han explicado como debemos esparcir los microorganismos sobre el preparado. Seguido, hemos elegido unos cultivos ya hechos, y hemos realizado la triple estría en las diferentes placas para hacer nuestro cultivo. La triple estría consiste en coger un conjunto de microorganismos de una colonia y realizar unas rayas en el preparado en zig-zag. Después de desinfectar la aguja con el mechero, volvemos a realizar el zig-zag en otra dirección y volvemos a realizar el mismo proceso una vez más. De esta forma conseguimos colonias independientes que proliferan por si solas. Unas de las cosas que más me han impactado de esta parte de la práctica es lo rápido que se calienta la aguja y se pone al rojo vivo, y la extraña textura que tiene el preparado cuando solidifica ya que sin querer he hecho demasiada fuerza en alguna de las estrías y he hecho un pequeño agujero en el preparado. Para terminar los cultivos los hemos cerrado y los hemos puesto en una máquina para mantener su temperatura a 28ºC y de esta forma hacer que crezca el cultivo de forma más rápida.

Seguido, hemos cogido nuestros preparados, que ya habían salido del autoclave y habían estado un rato rebajando su temperatura para poder manipularlos, y los hemos colocado en diferentes placas Petri para que solidificara el preparado. La primera vez estaba un poco nervioso ya que el recipiente estaba caliente, tenía el mechero encendido al lado y tenía miedo de romper algo o de echar el preparado fuera de las placas, pero cuando he llenado dos o tres placas le he cogido confianza y he ido bastante más rápido. El tener un mechero al lado durante las prácticas sirve para alejar el resto de microorganismos del preparado y así impedir la contaminación.

Solo terminar las prácticas, nos hemos labado las manos, proceso fundamental en el laboratorio, y nos han acompañado a comer. Hemos tenido una hora agradable, donde hemos expuesto nuestras opiniones sobre el Praktikum y nos hemos contado nuestras experiencias y proyectos. Después de esto, nos han traido a una clase de informática donde hemos empezado a escribir este blog que en estos momentos redacto.

Para ser el primer día solo me queda decir que ha sido una experiencia increible, y aunque no hemos hecho mucho porque era el primer día, me ha encantado y recomiendo este tipo de prácticas a todo el mundo. Espero que el resto de la semana sea igual o mejor, así que creo que por hoy ya he escrito suficiente y me despido hasta mañana.

Un saludo, Borja Martínez Sinisterra.

28 de junio de 2011:

Hoy cumplo 17 años, y sigo pensando que esta oportunidad de venir al Praktikum 2011 es uno de los mejores regalos que podía recibir. El segundo día de prácticas empieza a las 9 de la mañana cuando entro al Hall de la escuela de Ingenieros Agrónomos y  me encuentro con mi compañero, Diego. Subimos hacia los laboratorios mientras hablamos de como nos fue el día anterior al volver a casa y al llegar a la planta de arriba, pedimos nuestras llaves para las taquillas. Dejamos nuestros objetos, nos ponemos las batas, y cogemos las libretas para no perder detalle de lo que hariamos hoy.

Cuando entramos en el laboratorio,saludamos a Gonzalo, nuestro profesor de prácticas, y nos explica en que va a consistir la práctica de hoy, mientras nos entrega unas hojas con información. La práctica es ” Tinción de Gram”. Consiste en tintar unas bacterias para poder observarlas ya que estas son casi transparentes. Dependiendo del color que tenga la bacteria después de la tinción, las bacterias se clasificaran en Gram-positivas y en Gram-negativas. Las G+ (Gram-positivas) tienen la pared bacteriana más gruesa que la de las G- (Gram-negativas), por esta razón, al colorear las bacterias y después echar alcohol, las G- perderán todo el color, mientras que las G+ todavía conservaran color. Las Gram-positivas conseguirán un color violeta oscuro y en algunos casos casi negro, mientras que las Gram-negativas tendrán un color rosado.

Primero, echamos una gota de agua sobre un portaobjetos y esparcimos con el asa de siembra unos pocos microorganimos de un cultivo sobre esta gota. Seguido, secamos el agua y pasamos el portaobjetos sobre la llama del mechero de forma rápida para fijar las bacterias. De esta forma habremos completado los pasos de extensión, desecación y fijación.

Ahora vamos a realizar la tinción. Ponemos violeta de Genciana y lo dejamos durante un minuto. Después, quitamos el violeta y ponemos el lugol sin lavar la muestra. Esperamos un minuto y ponemos alcohol para decolorar la muestra. Después de 30 segundos limpiamos el portaobjetos con agua destilada y colocamos sobre este fucsina básica durante 3 minutos. Finalmente solo nos queda lavar y observar al microscopio.

Cuando observamos en el microscopio las dos muestras que hemos hecho, primero con 40 aumentos, vemos que las bacterias forman una acumulación de color oscuro. Por esto, podemos deducir que son Gram-positivos, aunque ya lo sabiamos porque todos los actinomicetos, que son los organimos con los que trabajamos, son G+. Después de ver con el objetivo de 40 aumentos, nos explican como utilizar el objetivo de 100 aumentos ( 1000 aumentos si tenemos en cuenta el aumento de la lente por la que miramos). Para utilizar este objetivo, necesitamos poner una gota de aceite de inmersión en el portaobjetos para que la refracción de la luz no afecte a la imagen. Así que ponemos el aceite y observamos las bacterias.

Para finalizar la práctica hablamos de nuestras observaciones. Vemos que en una de las muestras las bacterias son cocos, es decir, tienen forma redonda, mientras que en la otra son bacilos, son alargados. Después de identificar las bacterias, Gonzalo nos da una muestra para observar en la cual vemos  bacilos Gram-positivos y Gram-negativos ya que es una muestra contaminada.

Después de la práctica de hoy, Gonzalo nos ha dado unas hojas con información para la práctica de mañana, “Extracción de DNA”, y un conjunto de hojas con información en inglés sobre la microbiologia. Finalmente esperamos a las compañeras de laboratorio, guardamos las batas y nos vamos a la sala de informática.

Mañana seguiré escribiendo sobre nuestras prácticas y sobre que haremos esta tarde, pero ahora me mandan a comer así que me despido.

Un saludo, Borja Martínez Sinisterra

29 de junio de 2011

Empezaré contando como terminó el día pasado. Después de escribir el blog, comimos en la cafetería la Vella y descansamos una hora. A continuación, nos llevaron a la escuela de Industriales, donde nos dieron una conferencia sobre como hablar en público ya que la semana que viene tenemos que exponer nuestro trabajo en un polimedia para colgarlo en la red.

Ahora, después de haber hablado de como terminamos el martes, contaré que hemos hecho hoy. El día empieza con el encuentro de mi compañero Diego en el Ágora. Subimos al laboratorio, dejamos nuestras pertenencias en las taquillas y nos ponemos las batas como de costumbre. En el laboratorio, empezamos nuestra práctica de hoy que será “Extracción de DNA de bacterias”. Primero nos explican que ahora la extracción de DNA es mucho más fácil y rápida ya que tenemos los productos necesarios ya preparados y antiguamente se tenían que preparar en el laboratorio mezclando reactivos. Después de esta aclaración y de ponernos los guantes, preparamos el material. Este será:

  • Kit de extracción de DNA. Contiene los reactivos como la lisozima o la solución para lisiar.
  • Micropipetas. Sirven para coger cantidades muy pequeñas de líquidos.

  • Asa de siembra.
  • Bacterias.
  • Vórtice.
  • Centrifugadora.

Primero hemos cogido unas bacterias con el asa de siembra desinfectada, y las hemos puesto en un tubo. Seguido, ponemos la lisozima, lo metemos en el vórtice unos 15 segundos y lo dejamos durante media hora en una placa eléctica que mantiene su temperatura a 37ºC. Durante esta media hora, yo y Diego hemos aprovechado para almorzar y descansar.

A continuación, hemos subido al laboratorio y hemos puesto un poco de RNAsa. Lo hemos dejado 2 minutos y después hemos puesto con la micropipeta, objeto que hemos utilizado durante todo el proceso, la proteinasa K. Después lo hemos pasado por el vórtice durante 15 segundos y después a la placa para calentar a 55ºC durante 10 minutos.

Seguido, ponemos la preparación de columna dentro de la columna, que es como un frasco pequeño con un material para retener sólidos en el centro,y lo centrifugamos. Ahora ponemos las bacterias en la columna y centrifugamos. Después haremos unos lavados para dejar solo el DNA, y los realizaremos con la centrifugadora. Finalmente pondremos una solución con el DNA en otra columna y lo pondremos en el congelador.

Como nos ha sobrado bastante tiempo, primero hemos estado leyendo los artículos que nos dieron ayer, y después nos han enseñado como hacer el gel para la electroforesis. La electroforesis consistes en poner el DNA en un gel y someterlo a luz ultravioleta para ver si realmente hay DNA en esas muestras. Nos han llevado a otro laboratorio y nos han enseñado como hacerlo.

Después de dejar el gel solidificando y decirnos que mañana seguiremos haciendo la electroforesis, hemos hablado sobre como haremos nuestro polimedia yo y mi compañero. Finalmente nos hemos despedido de Gonzalo y hemos venido a aquí a escribir el blog. Ahora mismo nos vamos a comer así que me despido y sigo informando mañana de como ha ido la electroforesis y nuestra actividad de esta tarde.

Me despido, Borja Martínez Sinisterra.

30 de junio de 2011

Ayer tuvimos una visita guiada por el politécnico, acompañados por Javier, nuestro servipoli. Nos mostró las instalaciones deportivas del campus y nos aconsejó sobre las ventajas de pertenecer al campus de Vera. Después de la visita nos despedimos y nos fuimos a casa.

Hoy el día ha empezado bien ya que estaba un poco nublado y la temperatura no ha sido muy elevada. Como todos los días, hemos subido al laboratorio a las 9:15, hemos dejado la mochila en la taquilla y nos hemos puesto las batas. A continuación, hemos hablado con Gonzalo y nos ha llevado a otro laboratorio para volver a realizar el gel, ahora por nuestra cuenta. Hemos puesto la agarosa con el TAE y lo hemos calentado para fundir la agarosa y que al enfriarse consiguiera un estado sólido. Después, la hemos metido en un molde y lo hemos dejado solidificar. Una vez solidificado, lo hemos metido en una cubeta de electroforesis llena de TAE. En esta cubeta hemos vertido el DNA junto con otro líquido de forma que, debido a su mayor densidad, han caido en unos agujeros que han quedado en el gel gracias al molde. Hemos hecho pasar una corriente eléctrica por la cubeta para desplazar el DNA y poder observarlo después.

Durante el periodo de tiempo que ha durado la electroforesis, nos hemos ido a almorzar y a visitar el C.A.M.A. (Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos). Después de andar durante 10 minutos hacia el CAMA, nos han enseñado los laboratorios y algunos de los proyectos que todavía se desarrollan allí. Finalmente hemos vuelto para ver el DNA.

Cuando hemos llegado al laboratorio, Gonzalo ha puesto el gel en una cámara, que emite luz ultravioleta para poder ver el DNA en el gel y los pares de bases que contiene. Este aparato contiene un objetivo que nos permite ver la imagen del gel en una pantalla. Hemos guardado la imagen del DNA y hemos dado por terminadas nuestras prácticas de hoy.

Finalmente, hemos dejado las batas y hemos venido a los ordenadores a escribir el blog, aunque nos han dado un poco de prisa ya que también teniamos que rellenar un formulario. Me despido y mañana cuento como ha ido el último día.

Borja Martínez Sinisterra.

1 de julio de 2011

Hoy es el último día del Praktikum y solo puedo decir que ha sido impresionante. Hemos hecho unas prácticas con el ordenador para seqüenciar y limpiar el DNA de algunos microorganismos. Después de realizar el solapamiento de las cadenas, las hemos pasado al ordenador y con dos programas distintos hemos podido perfeccionar la seqüencia. Seguido, hemos enviado la seqüencia a una base de datos para compararla con el DNA de distintos organismos, y nos ha dicho el género al que pertenece el DNA.

Después de la práctica de bioinformática, hemos hecho unas grabaciones para nuestro polimedia y hemos visto nuestros cultivos del primer día, a los cuales también hemos hecho fotos.

Finalmente, nos hemos despedido de los profesores y hemos intercambiado los correos electrónicos. Después hemos ido a almorzar a la Tarongería y a continuación hemos venido a ecribir por última vez en el blog. Para terminar, solo me queda decir que ha sido un placer trabajar con profesores del centro y realizar estos proyectos que han sido tanto entretenidos como lúdicos. Por esto, recomiendo a la gente que venga aquí los próximos años que haga todo lo posible por ser seleccionado en los siguientes Praktikum ya que es una experiencia única y especial.

Me despido de este blog para siempre, Borja Martínez Sinisterra.

Comments Off on Observación de microorganismos Borja